Embrio SMK Nasional saat ini adalah dari sebuah usaha Kursus Komputer dengan nama AMCOM ( Are malang Computer) milik seorang pemuda asal Kota Malang Jawa Timur yang bernama Slamet Riyadi, S.Pd, yang beroperasi sekitar tahun 1997. Pada tahun 1998 pemilik kursus disarankan oleh pihak Kanwil Dikbud menyarankan agar membuka sekolah kejuruan, maka lahirlah SMK AMACOM Muara Jawa dengan Program Bisnis dan Manajmen Jurusan Akuntansi dan Sekretaris pada tahun pelajaran 1999/2000 dengan seluruh kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pada sore hari di SDN 010 Muara Jawa dengan kepala SMK yang pertama Bapak Drs. Suhartono (guru SMAN Muara Jawa) yang dibantu Waka Kurikulum Bapak Drs. Edi Sumarsono Sipin (Guru SMA Muara Jawa), Waka Kesiswaan Bapak Drs. Kamarudin (Guru MTsN Muara Jawa) dengan tenaga pengajar Drs Zuhri Dipa (MTsN Muara Jawa)/Ketua Program Sekretaris, Kafrawi,S.E (Ketua Program Akuntansi, Marsuki, Sm.Hk, Drs.Ahmad Yani Rahim, Drs. Slamet Budiono, Suriani, H.Hormansyah, Ahmad Jamil, S.Pd, Drs.Baharuddin Pasilo, Bapak Burhanuddin, S.Pd (Guru SMAN Muara Jawa), Winarto, Abdul Gafar,S.Pd, Puryadi, S.Ag, dengan pengurus komitenya Bapak H. Zamzani, A.Ma.Pd. Selama setahun kegiatan pembelajaran mengalami kendala keuangan sehingga gaji guru tidak terbayarkan namun semua guru tetap melaksanakan pembelajaran sebagaimana biasanya dan pada tahun kedua pihak Yayasan Amacom menjual semua asetnya ke Bapak H. Sukardi Jarwo Putro. Dengan dijualnya seluruh aset SMK Amacom maka beralih status termasuk pergantian nama yayasan dan nama sekolah. Nama Nasional diambil karena seluruh guru yang mengajar di SMK Amacom saat itu berasal dari berbagai sekolah, mulai dari guru SD, SMP,MTs, SMA dan masyarakat umum, maka ditetapkanlah namanya menjadi SMK Nasional dan lokasi pelaksanaan belajar mengajar dipindahkan dilokasi saat ini. Seiring perjalanan waktu perubahan struktur kepengurusan sekolah mulai berubah. Pada tahun 2004 terjadi pergantian kepala SMK Nasional dipinpin oleh bapak Drs. Kamarudin,M.M dibantu Waka Kurikulum Bapak Drs.Edi Sumarsono Sipin, M.M, Waka Kesiswaan Ibu Edndang Wijiningrum,S.E, Ketua Juruan Akuntansi Bapak Kafrawi, S.E, Ketua Juruan Perkantoran Bapak Drs. Zuhri Dipa, M.M. Kegiatan belajar tetap dilaksanakan sore hari, dengan Kepala Tata Usahan Bapak Abdul Hamid, S.Ag, stafnya, Herlin ( Kepala Lab Komputer ), Hendy Rusdin, Susilawati, Restin, Suhito ( Petugas keamanan ). Adapun guru yang ikut membantu adalah Marsuki,Sm.Hk, Wahyono, S.Pd, M.M, Wartono, S.Pd, Nyariadi, S.Pd, Ir. Ruswandi, Suparmo, S.Pd, Ana Istiowati, S.Pd, Anik, Hesty Agustin, S.Pd, Netty Sihombing, S.Pd, Rotua Lumbangtobing, S.Pd, Ratnawati, S.Pd, Sri Puji Astuti, S.E dengan Ketua komitenya Bapak Pelda Rijalun ( maaf bila ada yang terlupakan ). Pada tahun 2010 kepala SMK Nasional diganti oleh Budi Argono, ST, M.Pd
(sumber : Drs. Kamarudin,MM dan Zuhri, MM)